El Santuario de San Miguel del Milagro es otro importante destino religioso en Tlaxcala, que atrae a miles de peregrinos cada año. Se encuentra en el municipio de Nativitas, y es considerado uno de los centros de devoción más importantes de la región, dedicado a San Miguel, quien es venerado como protector y guía espiritual. Según la tradición, el santuario fue erigido tras una aparición del santo en el siglo XVI, en la cual se relató que San Miguel ayudó a una mujer a encontrar un milagroso manantial de agua.

El santuario ha sido remodelado a lo largo de los siglos, pero su esencia sigue intacta, siendo un lugar lleno de paz y espiritualidad. Además de su valor religioso, el santuario también representa una parte integral del patrimonio cultural de Tlaxcala, ya que las festividades que se celebran en su honor son una mezcla de fe, música y tradiciones locales que reflejan la identidad de la comunidad. Al igual que el Santuario de Ocotlán, este es un símbolo de la religiosidad que caracteriza a Tlaxcala y su conexión con lo sagrado.